故杀曾德而得罪了郑成功，郑成功诛杀了施琅父亲与弟弟。由于亲人被郑成功杀害的大恨，施琅再次降清。施琅投降清朝后，被任命为清军同安副将，不久，又被提升为同安总兵、福建水师提督。

康熙二十年，康熙帝采纳了李光地的意见，授施琅福建水师提督，施琅积极进行攻讨台湾的部署准备。康熙二十一年，康熙帝决定攻台，命施琅与福建总督姚启圣一起进取澎湖、台湾。

康熙二十二年六月，施琅指挥清军水师先行在澎