蜀州总督，位于九大总督之末，其他总督大多都是执掌两州之地，唯有蜀州总督执掌一州之地。一则是因为蜀州面积广阔，除了略小于西州之外，远胜于其他州，而且若论人口数量，蜀州更是远胜西州。二则是天下未乱蜀先乱，天下已定蜀未定，此地又与南疆相连，土司时常起事，所以朝廷专门在此设立一位总督。

总督总掌军政大权，其下又有主掌民政的巡抚和主掌兵事的提督军务总兵官。在提督军务总兵官之下则是镇守总兵官