军队在经过一系列重组整编后，三忠的义勇被全部消化，淘汰下来的老弱都给予一定的补偿遣散归家。

最后，大明中枢拥有的总兵力如下：一、天子直辖侍卫亲军陆师战、辅兵共计一镇一万四千兵马，共分四个野战兵团和一个营的宫城禁卫及一个营的天子卫队（包括上百贴身近卫）。撤消了大汉将军编制和有名无实的府军卫，旗手卫、金吾卫、羽林卫、虎贲卫等上直十二亲军卫番号。

同时朱由榔顺应民心的把锦衣卫