在九州军忙着西边和南边战事的时候，这一年东边的海岛上也不平静。驻守横滨港的北洋舰队军官帮助幕府训练出了两批新式军队，支援幕府军的火器也到位，幕府军已经在一些局部战场上对倒幕联军发起了反击。

九州二年6月，幕府军在甲斐地区以一万新式军队和两万旧式军队联合进攻盘踞在此地的倒幕联军，成功击败了倒幕联军，并取得了杀敌三千，俘虏五千的战果。这可是幕府军自两年前倒幕运动以来幕府军取得的最大的