司法机构设督察院，下设刑部和御史台、大理寺，共称为三法司制。魏征担任督察院院长，从一品大员，只比左右二相低一级。

其中，刑部为主管全国刑罚政令及审核刑名的机构，审定各种法律，复核各地送部的刑名案件，会同九卿审理“监候”的死刑、案件以及直接审理京畿地区的待罪以上案件。类似后世的司法部和公检法部门。

大理寺相当后世的最高法院，掌刑狱案件审理，还设有律例馆，掌修订法律。