2’和3’都不含羟基，其在dna的合成过程中不能形成磷酸二酯键，因此可以用来中断dna的合成反应,&nbp;在4个dna合成反应体系中分别加入一定比例带有放射性同位素标记的ddntp（分别为ddatp，ddtp，ddgtp和ddttp）,&nbp;然后利用凝胶电泳和放射自显影后可以根据电泳带的位置确定待测分子的dna序列。

这个方法现在是主流测绘方法，后面出现的焦磷酸测序法、连接酶法等等