一般的卫只统辖5个所，定额5600人，而锦衣卫却辖有17个所，在籍人数一度超过6万。一般卫所统领的士兵统称为“军卒“，而锦衣卫统领的士兵则有“校尉“、“力士“和“大汉将军“等诸多名号。一般卫的首领指挥使为正三品官，职务世袭，而锦衣卫指挥使由于是皇帝的心腹，往往指派勋臣贵戚或都督一级的大将兼任，官职最高者达到正一品。

除17个所之外，锦衣卫还辖有一个经历司和南北两个镇抚司。经历司掌