玄黄神谷种子，其前身乃是五谷社稷神树。此神树屹立于天地之间，独一无二。灵慧和尚研究过，他觉得此树大概是与天地未分的时代有些关联。

在灵慧和尚的了解中，最早的时候，天地起初不知何故，万里冰封，生灵全部死绝。只有海中还有生灵存在。天地之间，到处都是海洋，很少有陆地。因此，海面上长期都是浓雾笼罩，包括地面上，也是浓烈的浓雾。

这种浓雾就是上古神话中所说的混沌未开。