《明倭江户停战协议》的主要内容如下：

第一，倭国皇帝取消皇帝封号，改为倭王，向大明表示臣服，永不背叛。德川家为倭国世袭将军，皆和倭王一起，受大明册封才能继位。

第二，倭国割让萨摩藩领土给琉球国，割让九州岛剩余领地给大明。岛上之倭人，准许在两个月内变卖其未能带走之财物，离开九州岛。至于已为俘虏之倭人，须得服苦役五年赎罪。服役期满，可返回倭国。

第三，倭国赔偿大明